Les mécanismes naturels de l’évolution ont amené chaque espèce a évoluer dans un écosystème particulier, c’est-à-dire en interaction avec une flore et une faune déterminées, dans des contextes géologiques et climatiques donnés. Implanter une espèce en dehors de son contexte originel conduit très souvent à des catastrophes écologiques. Ainsi, la Caulerpa taxifolia, dont quelques plants se sont retrouvés par erreur en Méditerranée, est en train de coloniser celle-ci. Elle supplante toutes les autres algues, provoquant la disparition de nombreuses espèces animales et végétales. Les risques sont similaires avec les OGM et spécialement les plantes transgéniques, car elles n’ont pas de passé évolutif, c’est-à-dire qu’elles n’ont pas évolué dans un écosystème donné, au milieu de leurs prédateurs naturels. Les plantes transgéniques ont pour but de mieux résister aux prédateurs ou aux parasites naturels, ce qui leur confère un avantage comparatif par rapport aux variétés naturelles locales et risque de conduire à la disparition de ces dernières et donc à un appauvrissement de la biodiversité. Cela est particulièrement grave, car ce sont ces variétés locales qui fournissent les ressources génétiques nécessaires pour améliorer les plantes cultivées, qui deviendraient par exemple victimes de nouvelles maladies. Signalons enfin le danger économique que représenterait la dépendance du monde agricole vis-à-vis d’une multinationale unique pour son approvisionnement en semences de maïs ou de colza.

On sait aujourd’hui que les plantes cultivées échangent, par croisements spontanés, leurs gènes avec les espèces sauvages apparentées, qui sont souvent de mauvaises herbes. On appelle cela le flux de gènes. En France, des études récentes menées à l’INRA (Institut National de Recherche Agronomique) ont montré que le gène de résistance à un herbicide implanté dans le colza pouvait se retrouver dans une mauvaise herbe apparentée, la ravenelle. Celle-ci devient alors fertile et insensible aux herbicides, une super mauvaise herbe. Ce flux de gène génère une "pollution génétique" qui, à l’inverse de la pollution chimique ou radioactive, est totalement irréversible. On ne pourra jamais rapporter au laboratoire un gène qui se serait échappé de la plante génétiquement modifiée.

Les maïs transgéniques dont la culture est aujourd’hui autorisée en France contiennent un gène de la bactérie du sol Bacillus thuringiensis qui synthétise dans la plante une toxine, dite Bt, qui lui permet de se défendre contre un insecte : la pyrale du maïs. Contrairement à un insecticide classique, que l’on utilise à des moments précis, la plante transgénique produit la toxine en continu. L’insecte, étant au contact de cet insecticide d’une façon quasi permanente, va très vraisemblablement y devenir progressivement résistant. La toxine Bt sera alors inefficace à moyen terme et l’on devra de nouveau recourir aux insecticides toxiques que ces maïs devaient nous permettre d’éviter, augmentant ainsi la pollution des sols et des eaux, ou à de nouveaux maïs transgéniques. A moyen terme, ce processus recommencera et cette escalade aura pour seul résultat une pollution accrue de l’environnement. Parallèlement, le maïs transgénique conduira à la perte de l’agriculture biologique car la toxine Bt d’origine bactérienne est un des seuls insecticides autorisés dans les cahiers des charges de l’agriculture biologique. "